Dalam cara pandang menurut Syekh Siti Jenar, bahwa al-Fatihah adalah termasuk salah satu kunci syahnya orang yang menjalani lelaku pamanunggal kawula lan Gusti (ngibadah).
Maka seseorang wajib mengetahui makna mistik surat al-Fatihah.
Sebab menurut Syekh Siti Jenar, lafal Al-Fatihah disebut lafal yang paling tua dari seluruh sabda-sukma sejati. Al Fatihah yang berati Pembuka yakni dengan memahami dan mengamalkan Surat Al Fatihah maka dapat membuka gerbang sejati menuju Manunggaling Kawula lan Gusti.
Inilah tafsir mistik al-Fatihah dari Syekh Siti Jenar :
Bis...........................kedudukannya........ubun-ubun.
Millah.......................kedudukannya........rasa.
Al-Rahman-al-Rahim......kedudukannya........penglihatan (lahir batin).
Al-hamdu...................kedudukannya........hidupmu (manusia).
Lillahi.......................kedudukannya........cahaya.
Rabbil-‘alamin.............kedudukannya........nyawa dan napas.
Al-Rahman al-Rahim......kedudukannya........leher dan jakun.
Maliki.......................kedudukannya........dada.
Yaumiddin.................kedudukannya........jantung (hati).
Iyyaka.......................kedudukannya........hidung.
Na’budu....................kedudukannya........perut.
Waiyyaka nasta’in........kedudukannya........dua bahu.
Ihdinash....................kedudukannya........sentil (pita suara).
Shiratal.....................kedudukannya........lidah.
Mustaqim..................kedudukannya........tulang punggung (ula-ula).
Shiratalladzina............kedudukannya........dua ketiak.
An’amta....................kedudukannya........budi manusia.
‘alaihim.....................kedudukannya........tiangnya (pancering) hati.
Ghairil.......................kedudukannya........bungkusnya nurani.
Maghdlubi..................kedudukannya........rempela/empedu.
‘alaihim.....................kedudukannya........dua betis.
Waladhdhallin..............kedudukannya........mulut dan perut (panedha).
Amin.........................kedudukannya........penerima.
Tafsir mistik Syekh Siti Jenar tetap mengacu kepada Manunggaling Kawula-Gusti, sehingga baik badan wadag manusia sampai kedalaman rohaninya dilambangkan sebagai tempat masing-masing dari lafal surat al-Fatihah. Tentu saja pemahaman itu disertai dengan penghayatan fungsi tubuh seharusnya masing-masing, dikaitkan dengan makna surahi dalam masing-masing lafadz, maka akan ditemukan kebenaran tafsir tersebut, apalagi kalau sudah disertai dengan pengalaman rohani/spiritual yang sering dialami.
Konteks pemahaman yang diajukan Syekh Siti Jenar adalah, bahwa al-Qur’an merupakan “kalam” yang berarti pembicaraan. Jadi sifatnya adalah hidup dan aktif. Maka taksir mistik Syekh Siti Jenar bukan semata harfiyah, namun di samping tafsir kalimat, Syekh Siti Jenar menghadirkan tafsir mistik yang bercorak menggali makna di balik simbol yang ada (dalam hal ini huruf, kalimat dan makna historis)